小学五年制对申请日本研究生有影响吗？

没有任何问题。像你这种交换留学生的签证是很容易获得批准的。再说，你在中国已经是大学生了，没理由以此不给你签证。还有，有些国家或地区，譬如香港，制度上高中毕业就少于12年，到日本留学的也大有人在。