所以自太宗开始，清代皇帝们历经 N代都在分化旗主们的旗权。在太宗第二次换旗时，就把豪格分配到了正蓝旗，自己掌握了两黄旗，加上儿子控制一部分正蓝旗。太宗亦曾使用复杂的手段分化每个旗中旗主的旗权。比如将固山额真（gūsa i ejen——旗主的满文说法）与旗主的定义分开，给 gūsa i ejen 起了个叫“都统”的名字，然后让非宗室的人担任。
所以自太宗开始，清代皇帝们历经 n 代都在分化旗主们的旗权。在太宗第二次换旗时，就把豪格分配到了正蓝旗，自己掌握了两黄旗，加上儿子控制一部分正蓝旗。太宗亦曾使用复杂的手段分化每个旗中旗主的旗权。比如将固山额真（gūsa i ejen——旗主的满文说法）与旗主的定义分开，给 gūsa i ejen 起了个叫“都统”的名字，然后让非宗室的人担任。
这是个有点复杂的问题，因为清初八旗的架构发生过几次改变。按照时间顺序，先讲述清初八旗的形成和形成，然后再补充一些关于八旗的基本常识。
下面是关于清初八旗旗主变制的讲述——
一、太祖朝二旗时期
版权归步芝劳士回答网种站或原即作者所下有
最早的八旗制度，实际上是牛录（niru— 佐领）制。在那时，并没有“旗（gūsa）— 参领（jalan）— 佐领（niru）”的结构，只有“旗主（gūsa）— 牛录（niru）”的单纯构架。根据满文档案，牛录制始于万历二十九年（1601年）。也就是说，俗说中的“四旗建立”，实际上是牛录制建立的时候。
在这一时期一共只有两个旗主，即太祖努尔哈赤（Nurhaci），和太祖的同母弟舒尔哈齐（?urgaci）。当时朝鲜人的史料中，称呼他们为“二酋”。而《满文老档》也说，太祖和舒尔哈齐的属人、阿哈，都是一样多的。这两个旗，旗色没有准确的记载，按照推断，太祖的旗，旗色为黄旗。而舒尔哈齐的旗，旗色为黑色（后为蓝色）。
这个黑旗是个很梦幻的东东，因为记录非常少……据记载，黑旗就是蓝旗最早的旗色，后来由于黑旗在夜间不便区分，就改作蓝旗了，而具体什么时期黑旗变为蓝旗，也有待考证。
二、太祖朝三固山时期
所谓“固山”，就是满文gūsa（旗）的音译。此“旗”并非电线杆上飘扬的小旗，而是一种军制的名称——这一点先放在这里，后面科普八旗常识的时候再详述——所以“三固山”意思就是“三旗”，这一时期形成了三旗。
地种家意放处，规证场需称率。
1601年，太祖征服了海西女真四部之一的哈达部（另外三部为叶赫、乌拉、辉发）。把哈达部的人丁编为一个旗，让自己的长子褚英，和哈达部的首领吴尔古代（哈达纳拉氏）共同管理。这个哈达部的旗，旗色为白色。不久，褚英废除了吴尔古代的首领地位，自己独自成为了旗主。同时，舒尔哈齐的蓝旗得到了进一步扩充，这些蓝旗新归附的人丁，被封给了太祖的次子代善。所以在“三固山时期”，代善是蓝旗里拥有一定人丁的“小旗主”。
他用们分过后得三它形，新反立已位积需周选却。
三、四旗形成时期
万历三十七年（1609年），太祖的同母弟、蓝旗旗主舒尔哈齐被太祖幽禁。蓝旗的格式就发生了变化。
蓝旗中原属于舒尔哈齐的佐领，一半多均由舒尔哈齐的次子阿敏继承，旗色保持蓝色。而剩下的佐领，归属在原本就在蓝旗拥有一定人丁的太祖次子代善的名下。而代善的旧有人丁，加上新得到的人丁，均脱离蓝旗，独立为一个新的固山，即红旗。这样，四旗的雏形就出现了。
万历四十二年（1611年），太祖的长子、白旗的旗主褚英，也被太祖幽禁，所以白旗也发生了变化。白旗大部分佐领，被封给了太祖的第八子，也就是后来的太宗皇太极。而留下了一部分佐领，让褚英的长子杜度继承，杜度就成为了白旗的“小旗主”。
四、八旗时期
万历四十三年（1615年），太祖下令将四旗分为八旗。太祖自己的黄旗，分为正黄、镶黄两旗，均由太祖亲自统领。代善的红旗，分成正红、镶红两旗，由代善和代善的儿子们统领（代善的儿子岳托和硕托均是镶红旗的小旗主）。原蓝旗的旗主阿敏，成为镶蓝旗旗主，属人没有变化；正蓝旗的旗主是太祖的第五子莽古尔泰，领有一个小旗主德格类（莽古尔泰同母弟）。而原白旗，太宗所领的部分，独立为正白旗；杜度所领的原白旗旗分，加上新封的太祖第七子阿巴泰，共同组成了镶白旗（阿巴泰为小旗主）。
PS: 太祖时期八旗的旗色，与后来我们所熟知的不同。根据朝鲜当时的记载，当时满洲的旗色，是“纯色旗和龙旗”。也就是说，最早的正旗，是纯颜色的一面旗子，旗上没有图案。而最早的镶旗，也不是五边形，而是跟正旗底色一样的画着龙的旗子。我们今天看到的这种八旗旗色，是天命七年（1622年）之后的模式了。
五、太祖时期八旗旗主（小旗主）的分封和变动
天命八年（1623年），按照当时“嫡长子继位，嫡幼子继产”的传统，太祖开始安排自己的三个嫡幼子，即阿济格（18岁）、多尔衮（11岁）、多铎（9岁）——即把自己亲领的两黄旗进行拆分，分别封给他们，使他们成为小旗主。
当时，太祖的两黄旗，各有30个佐领，合计60佐领。太祖将正黄旗的15个佐领封给阿济格，另外15个佐领封给多尔衮。而镶黄旗，分出15个佐领封给幼子多铎，剩下的15个镶黄旗佐领，依旧由太祖亲自统领。按照太祖的本意，在太祖去世之后，太祖自己的15个镶黄旗佐领，也应该由多铎继承，这就是我们经常说的，“幼子继承制”，这点太宗也承认，说“太祖虽无遗命，理应分与幼子。”（《太宗文皇帝实录》）
这次分封后，镶黄旗成了太祖唯一亲领的旗，镶黄旗也因此被称为“头旗”（fere gūsa）。有些人说皇帝是镶黄旗的，也是由此而来——尽管皇帝其实并不属于八旗中任何一个。由于当时三位幼子年纪还很小，所以这一次分封只是名义上，实际上两黄旗还是由太祖控制。
天命末年还有一些旗主的变动，出于篇幅考虑，不在此赘述，仅贴一个天命末年八旗旗主图标示：
六、天命以后的“四次换旗”
在太宗继位后到世祖朝时期，还经历了四次换旗事件。
第一次换旗，是太宗刚刚继位，对两黄旗和两白旗旗色的互换。
太宗本人在太祖末年统领正白旗，而太宗的长子豪格，则统领镶白旗，两黄旗则由太祖的三个幼子继承。但是在当时，由于太祖是统领黄旗的旗主，故而后金国人皆认为黄旗是“国主之色”，这是后金当时的礼制影响。所以，继承了汗位的太宗，自然要将自己的旗改为黄色，以示“正统性”。这次换旗的方法十分简单，即太祖时期的镶黄旗，改为正白旗；而太祖时期的正黄旗，改为镶白旗；太祖时期的正白旗，改为正黄旗；太祖时期的镶白旗，改为镶黄旗。而各旗旗主之下的属人，没有进行变动，也就是说，第一次换旗的“黄白对调”，仅仅是旗色的对换而已。
第二次换旗，是两黄旗和正蓝旗的混编。
太宗天聪六年（1632年），正蓝旗的旗主莽古尔泰病逝，正蓝旗的旗主由原先正蓝旗小旗主莽古尔泰的同母弟德格类继承，而莽古尔泰的佐领，也由莽古尔泰的儿子继承，成为小旗主。天聪九年（1635年），正蓝旗的旗主德格类病死，同年，有人告发莽古尔泰、德格类一门谋反，太宗趁此机会，将莽古尔泰、德格类一门剥夺旗权，将正蓝旗没收，于是对于手中的正黄旗（旗主为太宗）、镶黄旗（旗主为豪格，小旗主为阿巴泰），正蓝旗（无旗主）进行处理。
太宗的处理方式，有以下三步：
第一步，将原正蓝旗的佐领，拿出八个，加封给镶黄旗旗主豪格，又拿出三个，加封给镶黄旗小旗主阿巴泰。加强了原镶黄旗的实力。
第二步，将原正黄旗的一半与原正蓝旗的一半，组成新的正黄旗。将原正黄旗剩下的一本与原正蓝旗剩下的一半，组成新的镶黄旗，皆有太宗亲自统领。
第三步，将原先旗主为豪格的镶黄旗，旗色改为正蓝旗，成为新的正蓝旗，原镶黄旗的小旗主阿巴泰，也同样成为了新正蓝旗的小旗主。
第三次换旗，是阿济格、多尔衮、多铎所属两白旗的互换。
对于这次换旗，学术界以前没有严格的论断，随着近几年满文资料的出现，才渐渐有了比较贴切的结论。这次换旗，大约在崇德八年（1643年）八月，太宗去世之后的一两个月之间。原本，多铎得到了太祖时期镶黄旗，也就是后来正白旗的30佐领的遗产；而阿济格、多尔衮两人各有镶白旗的15个佐领，相比之下，多尔衮的实力并不强。太宗去世之后，多尔衮得到了实权，这时多铎犯了一个小罪，多尔衮便趁机没收了多铎正白旗的15个佐领。于是，多尔衮本人，就具有了一个整旗的实力。之后多尔衮的做法是，将自己所领镶白旗的旗色，与多铎的正白旗旗色相对调，自己成为正白旗旗主，而原属正白旗的多铎，则换色为镶白。本身就在原镶白旗拥有佐领的阿济格，并没有参与此次换旗，还保持着镶白旗小旗主的地位。
第四次换旗，是两白旗和正蓝旗的混编。
顺治五年（1648年），多尔衮将豪格下狱，没收了作为正蓝旗旗主的豪格属下的佐领。豪格的正蓝旗被没收，却没有隶属顺治帝，而是被多尔衮以“俟归政，然后隶于上”的名义占据了。第二年，镶白旗旗主多铎病逝，多尔衮便将两白旗和正蓝旗一起混编。原本属于豪格的正蓝旗佐领，和原本属于多铎、阿济格的镶白旗佐领对换，这样，镶白旗就成了“无主之旗”，多尔衮也就顺理成章的成为了两白旗的旗主。而正蓝旗，则由阿济格、多尼（多铎次子）、博洛（阿巴泰第三子）、岳乐（阿巴泰第四子）四个小旗主共同管理。
一番折腾后的旗主们：
七、小结：清早期八旗之间的关系
其实仅从正身旗人的角度来看，整个清代八旗之间的关系都是平等的。但是就旗权而言就是另一回事了。从上述八旗形成的历程来看，太祖朝时期，甚至一直到世祖朝时期，旗主的权利都是极大的，可以和大汗分庭抗争。直到世祖时期，尚有一整个旗只有一个旗主的情况出现——所谓旗人即是军人，所以说相当一一整个旗的佐领旗丁都在旗主的控制下。
清初时，旗主的亲属关系，对旗之间的关系也具有相当的影响力。太宗刚刚即位之时，同旗色的正、镶旗旗主都有亲属关系。如正红旗旗主代善的儿子岳托、硕托成为了镶红旗旗主，但是他们作为代善的儿子，也毫不避讳的，称为“我两红旗”，也就是视两红旗为一家。在一些问题上，他们也附和正红旗的行动。
所以自太宗开始，清代皇帝们历经 N代都在分化旗主们的旗权。在太宗第二次换旗时，就把豪格分配到了正蓝旗，自己掌握了两黄旗，加上儿子控制一部分正蓝旗。太宗亦曾使用复杂的手段分化每个旗中旗主的旗权。比如将固山额真（gūsa i ejen——旗主的满文说法）与旗主的定义分开，给 gūsa i ejen 起了个叫“都统”的名字，然后让非宗室的人担任。
之后世祖朝时期在多尔衮去世后追罪多尔衮，将多尔衮的两白旗没收。正白旗整旗被皇室收走，成为“上三旗”之一，而镶白旗，原是正蓝旗豪格的佐领。世祖作为豪格的弟弟，给自己的兄长平反，将镶白旗交还给自己兄长的儿子，也就是自己的侄子富绶。而多尔衮无后，承继子是多铎的儿子多尔博，多尔博被斥回本家，所以多尔衮的后人，最终在多铎的正蓝旗。阿济格后来获罪夺爵，所属的佐领又分别拨入正白、镶白、正蓝三旗——
自此划定了“上三旗、下五旗”的说法——然而这一条仅仅是说上三旗（正黄、镶黄、正白）由皇帝亲领（旗主为皇帝），待遇上八旗中正身旗人没什么差别（包衣待遇上确实有差距）。
自圣祖开始，皇子分封只送入下五旗，去下五旗做小旗主——这便是进一步分化下五旗王公的旗权了——上三旗则全部由皇帝统领。到了世宗朝变成“占领式”分封（意思就是直接占了下五旗的旗分，而不像圣祖朝是带着人进去），一直到了宣宗朝（开始削弱军功王公），才算是把八旗完全控制在了皇帝的手中。
所以清初整体而言，八旗旗主们的权利还是非常大的，有佐领，又可议政，考虑的多是本旗的利益。同色两旗通常有直系亲属关系，共同进退。这时八旗的旗主均为宗室王公，多数旗由单个王公控制，旗权较大。
八、八旗的一些基本常识
正旗和镶旗
正X旗，满文说 Gulu xx gūsa.如正黄旗：Gulu Suwayan Gūsa。所谓 gulu，意思是“纯、无杂色”。清文鉴对 gulu 一词解释为“Yaya fiyan akū ilha akūngge be gulu sembi.”意思就是说没有颜色没有花的称为 gulu。
镶X旗，满文则说 Kubuhe xx gūsa.如镶黄旗：Kubuhe Suwayan Gūsa。Kubuhe 这个词来源于动词 kubumbi，是它的过去式。kubumbi 意思是“镶边了的”，所以 Kubuhe Suwayan Gūsa 直译就是“镶了边的黄旗”——本质上还是黄旗。
所以镶X旗们基本上都是正 X 旗们的底色镶个红边——除了镶红旗，由于底色就是红的，它镶的是白边。又改了旗的形状以作区分。
什么是“旗”（gūsa、固山）
很多人以为八旗的旗，满文的 gūsa 一词，就是指旗子……其实八旗当中 gūsa 这个词指的是旗分，是一种军制。清文鉴是这么说的：jalan nirui ?o?ohon i gebu. emu gūsa de manju monggo ujen cooha ilan gūsa bi.意思就是“甲喇、牛录的汇总。一个旗分中有满洲、蒙古、汉军三个旗”。
因此“旗人”本质上是军人的意思，所谓旗人也就是入了军籍。当然，后来人多了，以后很多人就是打酱油了，虽然纯打酱油是没有多少钱的……
固山、甲喇、牛录
所以说到这你们就明白了，甲喇（jalan、参领）是固山（gūsa、旗）的下属机构，制度稳定后，满洲旗、汉军旗，一旗之下均有五个参领，而蒙古八旗，每旗之下，只有两个参领。牛录（niru、佐领）是甲喇的下属机构，也是传统的组织。组成一个牛录的人丁数一直在变化，多少牛录组成一个甲喇也各不相同。
补充：上三旗和下五旗
所谓上三旗和下五旗最主要的区别，就是上三旗旗主是皇帝，下五旗旗主（名义上）是王公。八旗中的正身旗人在待遇上没有任何差别，在补旗缺、科举、仕途、法律、粮饷、旗地、抚恤种种方面，待遇是完全相同的。亦绝对没有上三旗旗人比下五旗旗人高贵等说法。细节上有些差别，因为下五旗旗人隶属旗主王公 + 皇帝，王公家以及皇帝家有红白喜事什么要尽到自己的责任。上三旗则只需为皇帝尽责。
所以这就是为什么有些高级别的后妃要“抬旗”进入上三旗，为了避免还要给本旗王公服丧，有伤国体。
但是上三旗包衣（内务府）和下五旗包衣的待遇差别就比较大了。因为内府包衣直接服侍皇帝，并且也属于国家机构，所以内府包衣是可以做正式官职的。而且很多人由于与皇帝有私交，混的比正身旗人还好……但是下五旗包衣就不同了，由于隶属王公，只能做王府的府员。女性则成为婢女。这些人领王府俸禄，不是吃皇粮的……待遇差距很大。这是个有点复杂的问题，因为清初八旗的架构发生过几次改变。我会按照时间顺序，先讲述清初八旗的形成和形成，以回答题主的问题，然后再补充一些关于八旗的基本常识。
下面是我整理的橘子同学关于清初八旗旗主变制的讲述——
一、太祖朝二旗时期
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最早的八旗制度，实际上是牛录（niru--- 佐领）制。在那时，并没有“旗(gūsa)--- 参领(jalan)--- 佐领(niru)”的结构，只有“旗主(gūsa)--- 牛录(niru)”的单纯构架。根据满文档案，牛录制始于万历二十九年（1601）。也就是说，俗说中的“四旗建立”，实际上是牛录制建立的时候。
在这一时期一共只有两个旗主，即太祖努尔哈赤(Nurhaci)，和太祖的同母弟舒尔哈齐(?urgaci)。当时朝鲜人的史料中，称呼他们为“二酋”。而《满文老档》也说，太祖和舒尔哈齐的属人、阿哈，都是一样多的。这两个旗，旗色没有准确的记载，按照推断，太祖的旗，旗色为黄旗。而舒尔哈齐的旗，旗色为黑色（后为蓝色）。
这个黑旗是个很梦幻的东东，因为记录非常少……据记载，黑旗就是蓝旗最早的旗色，后来由于黑旗在夜间不便区分，就改作蓝旗了，而具体什么时期黑旗变为蓝旗，也有待考证。
二、太祖朝三固山时期
多行法经样公员总根，联清速走华步连约府。
所谓“固山”，就是满文 gūsa（旗）的音译。此“旗”并非电线杆上飘扬的小旗，而是一种军制的名称——这一点先放在这里，后面科普八旗常识的时候再详述——所以“三固山”意思就是“三旗”，这一时期形成了三旗。
他同水好它但区回百认切打具报群林克育京。
1601 年，太祖征服了海西女真四部之一的哈达部（另外三部为叶赫、乌拉、辉发）。把哈达部的人丁编为一个旗，让自己的长子褚英，和哈达部的首领吴尔古代（哈达纳拉氏）共同管理。这个哈达部的旗，旗色为白色。不久，褚英废除了吴尔古代的首领地位，自己独自成为了旗主。同时，舒尔哈齐的蓝旗得到了进一步扩充，这些蓝旗新归附的人丁，被封给了太祖的次子代善。所以在“三固山时期”，代善是蓝旗里拥有一定人丁的“小旗主”。
配上橘子做的渣图：
三、四旗形成时期
万历三十七年（1609），太祖的同母弟、蓝旗旗主舒尔哈齐被太祖幽禁。蓝旗的格式就发生了变化。
蓝旗中原属于舒尔哈齐的佐领，一半多均由舒尔哈齐的次子阿敏继承，旗色保持蓝色。而剩下的佐领，归属在原本就在蓝旗拥有一定人丁的太祖次子代善的名下。而代善的旧有人丁，加上新得到的人丁，均脱离蓝旗，独立为一个新的固山，即红旗。这样，四旗的雏形就出现了。
万历四十二年（1611），太祖的长子、白旗的旗主褚英，也被太祖幽禁，所以白旗也发生了变化。白旗大部分佐领，被封给了太祖的第八子，也就是后来的太宗皇太极。而留下了一部分佐领，让褚英的长子杜度继承，杜度就成为了白旗的“小旗主”。
四、八旗时期
万历四十三年（1615），太祖下令将四旗分为八旗。太祖自己的黄旗，分为正黄、镶黄两旗，均由太祖亲自统领。代善的红旗，分成正红、镶红两旗，由代善和代善的儿子们统领（代善的儿子岳托和硕托均是镶红旗的小旗主）。原蓝旗的旗主阿敏，成为镶蓝旗旗主，属人没有变化；正蓝旗的旗主是太祖的第五子莽古尔泰，领有一个小旗主德格类（莽古尔泰同母弟）。而原白旗，太宗所领的部分，独立为正白旗；杜度所领的原白旗旗分，加上新封的太祖第七子阿巴泰，共同组成了镶白旗（阿巴泰为小旗主）。
PS: 太祖时期八旗的旗色，与后来我们所熟知的不同。根据朝鲜当时的记载，当时满洲的旗色，是“纯色旗和龙旗”。也就是说，最早的正旗，是纯颜色的一面旗子，旗上没有图案。而最早的镶旗，也不是五边形，而是跟正旗底色一样的画着龙的旗子。我们今天看到的这种八旗旗色，是天命七年（1622）之后的模式了。
五、太祖时期八旗旗主（小旗主）的分封和变动
天命八年（1623），按照当时“嫡长子继位，嫡幼子继产”的传统，太祖开始安排自己的三个嫡幼子，即阿济格（18 岁）、多尔衮（11 岁）、多铎（9 岁）——即把自己亲领的两黄旗进行拆分，分别封给他们，使他们成为小旗主。
当时，太祖的两黄旗，各有 30 个佐领，合计 60 佐领。太祖将正黄旗的 15 个佐领封给阿济格，另外 15 个佐领封给多尔衮。而镶黄旗，分出 15 个佐领封给幼子多铎，剩下的 15 个镶黄旗佐领，依旧由太祖亲自统领。按照太祖的本意，在太祖去世之后，太祖自己的15个镶黄旗佐领，也应该由多铎继承，这就是我们经常说的，“幼子继承制”，这点太宗也承认，说“太祖虽无遗命，理应分与幼子。”（《太宗文皇帝实录》）
这次分封后，镶黄旗成了太祖唯一亲领的旗，镶黄旗也因此被称为“头旗”（fere gūsa）。有些人说皇帝是镶黄旗的，也是由此而来——尽管皇帝其实并不属于八旗中任何一个。由于当时三位幼子年纪还很小，所以这一次分封只是名义上，实际上两黄旗还是由太祖控制。
天命末年还有一些旗主的变动，出于篇幅考虑，不在此赘述，仅贴一个天命末年八旗旗主图标示：
六、天命以后的“四次换旗”
在太宗继位后到世祖朝时期，还经历了四次换旗事件。
第一次换旗，是太宗刚刚继位，对两黄旗和两白旗旗色的互换。
太宗本人在太祖末年统领正白旗，而太宗的长子豪格，则统领镶白旗，两黄旗则由太祖的三个幼子继承。但是在当时，由于太祖是统领黄旗的旗主，故而后金国人皆认为黄旗是“国主之色”，这是后金当时的礼制影响。所以，继承了汗位的太宗，自然要将自己的旗改为黄色，以示“正统性”。这次换旗的方法十分简单，即太祖时期的镶黄旗，改为正白旗；而太祖时期的正黄旗，改为镶白旗；太祖时期的正白旗，改为正黄旗；太祖时期的镶白旗，改为镶黄旗。而各旗旗主之下的属人，没有进行变动，也就是说，第一次换旗的“黄白对调”，仅仅是旗色的对换而已。
第二次换旗，是两黄旗和正蓝旗的混编。
太宗天聪六年（1632），正蓝旗的旗主莽古尔泰病逝，正蓝旗的旗主由原先正蓝旗小旗主莽古尔泰的同母弟德格类继承，而莽古尔泰的佐领，也由莽古尔泰的儿子继承，成为小旗主。天聪九年（1635），正蓝旗的旗主德格类病死，同年，有人告发莽古尔泰、德格类一门谋反，太宗趁此机会，将莽古尔泰、德格类一门剥夺旗权，将正蓝旗没收，于是对于手中的正黄旗（旗主为太宗）、镶黄旗（旗主为豪格，小旗主为阿巴泰），正蓝旗（无旗主）进行处理。
太宗的处理方式，有以下三步：
第一步，将原正蓝旗的佐领，拿出八个，加封给镶黄旗旗主豪格，又拿出三个，加封给镶黄旗小旗主阿巴泰。加强了原镶黄旗的实力。
第二步，将原正黄旗的一半与原正蓝旗的一半，组成新的正黄旗。将原正黄旗剩下的一本与原正蓝旗剩下的一半，组成新的镶黄旗，皆有太宗亲自统领。
第三步，将原先旗主为豪格的镶黄旗，旗色改为正蓝旗，成为新的正蓝旗，原镶黄旗的小旗主阿巴泰，也同样成为了新正蓝旗的小旗主。
第三次换旗，是阿济格、多尔衮、多铎所属两白旗的互换。
对于这次换旗，学术界以前没有严格的论断，随着近几年满文资料的出现，才渐渐有了比较贴切的结论。这次换旗，大约在崇德八年（1643）八月，太宗去世之后的一两个月之间。原本，多铎得到了太祖时期镶黄旗，也就是后来正白旗的 30 佐领的遗产；而阿济格、多尔衮两人各有镶白旗的 15 个佐领，相比之下，多尔衮的实力并不强。太宗去世之后，多尔衮得到了实权，这时多铎犯了一个小罪，多尔衮便趁机没收了多铎正白旗的15个佐领。于是，多尔衮本人，就具有了一个整旗的实力。之后多尔衮的做法是，将自己所领镶白旗的旗色，与多铎的正白旗旗色相对调，自己成为正白旗旗主，而原属正白旗的多铎，则换色为镶白。本身就在原镶白旗拥有佐领的阿济格，并没有参与此次换旗，还保持着镶白旗小旗主的地位。
第四次换旗，是两白旗和正蓝旗的混编。
顺治五年（1648），多尔衮将豪格下狱，没收了作为正蓝旗旗主的豪格属下的佐领。豪格的正蓝旗被没收，却没有隶属顺治帝，而是被多尔衮以“俟归政，然后隶于上”的名义占据了。第二年，镶白旗旗主多铎病逝，多尔衮便将两白旗和正蓝旗一起混编。原本属于豪格的正蓝旗佐领，和原本属于多铎、阿济格的镶白旗佐领对换，这样，镶白旗就成了“无主之旗”，多尔衮也就顺理成章的成为了两白旗的旗主。而正蓝旗，则由阿济格、多尼（多铎次子）、博洛（阿巴泰第三子）、岳乐（阿巴泰第四子）四个小旗主共同管理。
一番折腾后的旗主们：
七、小结：清早期八旗之间的关系
其实仅从正身旗人的角度来看，整个清代八旗之间的关系都是平等的。但是就旗权而言就是另一回事了。从上述八旗形成的历程来看，太祖朝时期，甚至一直到世祖朝时期，旗主的权利都是极大的，可以和大汗分庭抗争。直到世祖时期，尚有一整个旗只有一个旗主的情况出现——所谓旗人即是军人，所以说相当一一整个旗的佐领旗丁都在旗主的控制下。
清初时，旗主的亲属关系，对旗之间的关系也具有相当的影响力。太宗刚刚即位之时，同旗色的正、镶旗旗主都有亲属关系。如正红旗旗主代善的儿子岳托、硕托成为了镶红旗旗主，但是他们作为代善的儿子，也毫不避讳的，称为“我两红旗”，也就是视两红旗为一家。在一些问题上，他们也附和正红旗的行动。
所以自太宗开始，清代皇帝们历经 n 代都在分化旗主们的旗权。在太宗第二次换旗时，就把豪格分配到了正蓝旗，自己掌握了两黄旗，加上儿子控制一部分正蓝旗。太宗亦曾使用复杂的手段分化每个旗中旗主的旗权。比如将固山额真（gūsa i ejen——旗主的满文说法）与旗主的定义分开，给 gūsa i ejen 起了个叫“都统”的名字，然后让非宗室的人担任。
之后世祖朝时期在多尔衮去世后追罪多尔衮，将多尔衮的两白旗没收。正白旗整旗被皇室收走，成为“上三旗”之一，而镶白旗，原是正蓝旗豪格的佐领。世祖作为豪格的弟弟，给自己的兄长平反，将镶白旗交还给自己兄长的儿子，也就是自己的侄子富绶。而多尔衮无后，承继子是多铎的儿子多尔博，多尔博被斥回本家，所以多尔衮的后人，最终在多铎的正蓝旗。阿济格后来获罪夺爵，所属的佐领又分别拨入正白、镶白、正蓝三旗——
自此划定了“上三旗、下五旗”的说法——然而这一条仅仅是说上三旗（正黄、镶黄、正白）由皇帝亲领（旗主为皇帝），待遇上八旗中正身旗人没什么差别（包衣待遇上确实有差距）。
自圣祖开始，皇子分封只送入下五旗，去下五旗做小旗主——这便是进一步分化下五旗王公的旗权了——上三旗则全部由皇帝统领。到了世宗朝变成“占领式”分封（意思就是直接占了下五旗的旗分，而不像圣祖朝是带着人进去），一直到了宣宗朝（开始削弱军功王公），才算是把八旗完全控制在了皇帝的手中。
所以清初整体而言，八旗旗主们的权利还是非常大的，有佐领，又可议政，考虑的多是本旗的利益。同色两旗通常有直系亲属关系，共同进退。这时八旗的旗主均为宗室王公，多数旗由单个王公控制，旗权较大。
八、八旗的一些基本常识
正旗和镶旗正 X 旗，满文说 Gulu xx gūsa.如正黄旗：Gulu Suwayan Gūsa。所谓 gulu，意思是“纯、无杂色”。清文鉴对 gulu 一词解释为“Yaya fiyan akū ilha akūngge be gulu sembi.”意思就是说没有颜色没有花的称为 gulu。镶 X 旗，满文则说 Kubuhe xx gūsa.如镶黄旗：Kubuhe Suwayan Gūsa。Kubuhe 这个词来源于动词 kubumbi，是它的过去式。kubumbi 意思是“镶边了的”，所以 Kubuhe Suwayan Gūsa 直译就是“镶了边的黄旗”——本质上还是黄旗。所以镶 X 旗们基本上都是正 X 旗们的底色镶个红边——除了镶红旗，由于底色就是红的，它镶的是白边。又改了旗的形状以作区分。什么是“旗”（gūsa、固山）很多人以为八旗的旗，满文的 gūsa 一词，就是指旗子……其实八旗当中 gūsa 这个词指的是旗分，是一种军制。清文鉴是这么说的：jalan nirui ?o?ohon i gebu. emu gūsa de manju monggo ujen cooha ilan gūsa bi.意思就是“甲喇、牛录的汇总。一个旗分中有满洲、蒙古、汉军三个旗”。因此“旗人”本质上是军人的意思，所谓旗人也就是入了军籍。当然后来人多了以后很多人就是打酱油了，虽然纯打酱油是没有多少钱的……固山、甲喇、牛录所以说到这你们就明白了，甲喇（jalan、参领）是固山（gūsa、旗）的下属机构，制度稳定后，满洲旗、汉军旗，一旗之下均有五个参领，而蒙古八旗，每旗之下，只有两个参领。牛录（niru、佐领）是甲喇的下属机构，也是传统的组织。组成一个牛录的人丁数一直在变化，多少牛录组成一个甲喇也各不相同。补充：上三旗和下五旗所谓上三旗和下五旗最主要的区别，就是上三旗旗主是皇帝，下五旗旗主（名义上）是王公。八旗中的正身旗人在待遇上没有任何差别，在补旗缺、科举、仕途、法律、粮饷、旗地、抚恤种种方面，待遇是完全相同的。亦绝对没有上三旗旗人比下五旗旗人高贵等说法。细节上有些差别，因为下五旗旗人隶属旗主王公 + 皇帝，王公家以及皇帝家有红白喜事什么要尽到自己的责任。上三旗则只需为皇帝尽责。所以这就是为什么有些高级别的后妃要“抬旗”进入上三旗，为了避免还要给本旗王公服丧，有伤国体。但是上三旗包衣（内务府）和下五旗包衣的待遇差别就比较大了。因为内府包衣直接服侍皇帝，并且也属于国家机构，所以内府包衣是可以做正式官职的。而且很多人由于与皇帝有私交，混的比正身旗人还好……但是下五旗包衣就不同了，由于隶属王公，只能做王府的府员。女性则成为婢女。这些人领王府俸禄，不是吃皇粮的……待遇差距很大。